Como devem saber o filtro vhook que permitia colocar marcas de água (watermark) sobre vídeos foi descontinuado.
Para o substituir, surgiu o libavfilter que contém um conjunto de filtros para serem aplicados nos vídeos.
Mas o projecto ainda está em fase integração com o ffmpeg. A versão "completa" do libavfilter ainda não está na versão final do ffmpeg.

Se você quiser usar todos os filtros do libavfilter terá que utilizar o "libavfilter repository"

svn checkout svn://svn.ffmpeg.org/soc/libavfilter

Para mais informações:
http://ffmpeg.org/libavfilter.html

Embora no site do ffmpeg somos alertados para uma possível instabilidade do libavfilter (porque ainda se encontra em estado inacabado) o certo é que eu instalei, e até agora não tive problemas em adicionar marcas de água nos vídeos. Funciona tão bem como no antigo vhook.

Então vamos começar.

Adicionando repositórios adicionas. (caso você ainda não tenha)


Remover o ffmpeg libx264 libvpx do repositório caso você já os tenha instalados.

Instalando as dependências:


Vamos para pasta do utilizador.

E criamos uma pasta source-ffmpeg, e mudamos para essa pasta.

Vamos começar com o x264(opcional):
Execute os seguintes comandos:

Agora o libvpx (opcional):


Finalmente o "libavfilter/ffmpeg":

Agora vamos rodar o checkout.sh (e um script que está dentro da pasta libavfilter) que vai aplicar os pachs, e preparar o ffmpeg para "receber" o libvfilter.


Mudamos agora para a pasta do ffmpeg:


E pronto! Para começar dê uma olhada em todos os filtros disponíveis para o ffmpeg.

Filters:
aspect Set the frame aspect ratio.
crop Crop the input video to x:y:width:height.
drawbox (null)
fade (null)
fifo (null)
format Convert the input video to one of the specified pixel formats.
fps (null)
hflip Horizontally flip the input video.
negate (null)
noformat Force libavfilter not to use any of the specified pixel formats for the input to the next filter.
null Pass the source unchanged to the output.
overlay Overlay a video source on top of the input.
pad Pad input image to width:height[:x:y[:color]] (default x and y: 0, default color: black).
pixdesctest Test pixel format definitions.
pixelaspect Set the pixel aspect ratio.
rotate (null)
scale Scale the input video to width:height size and/or convert the image format.
setpts (null)
slicify Pass the images of input video on to next video filter as multiple slices.
split (null)
transpose (null)
unsharp Sharpen or blur the input video.
vflip Flip the input video vertically.
buffer Buffer video frames, and make them accessible to the filterchain.
color Provide an uniformly colored input, syntax is: [color[:size[:rate]]]
movie (null)
nullsrc Null video source, never return images.
nullsink Do absolutely nothing with the input video.

E agora um teste:

No comando em cima a imagem que utilizar como marca de água tem o nome de logo.png, e o tamanho da imagem terá de ser igual ao tamanho do frame do seu vídeo. Use o Gimp para criar a imagem e posicionar a sua marca de água ou logótipo, ou alterar a transparência. :)

IMPORTANTE: Como estamos utilizando sempre a ultima "versão" disponível do ffmpeg, libvpx, x264, etc... poderá ocorrer algum erro durante a execução do comando make. Você terá de ter paciência e esperar que o desenvolvedores" corrijam eventuais problemas das últimas revisões que estão no git ou svn.
Se você não pode esperar, a solução é usar uma revisão estável que não tenha dado problemas.
Esta é a versão que estou a usar com libavfilter: FFmpeg version SVN-r24819